Conan aide toujours le père de Ran à résoudre des énigmes bien trop difficiles pour lui, et d'un autre côté, il recherche les membres de l'organisation responsables de son état actuel. Un matin, une femme se faisant passer pour la mère de "Conan Edogawa" et un mystérieux homme masqué font leur apparition. Membres présumés de l'organisation des hommes en noir, ils ont en leur possession, le poison que Conan recherche et s'apprêtent à perpétrer un nouveau crimeà Conan se lance à leur poursuite pour tenter de les en empêcher maisà